Tinciones
Rojo Neutro
El rojo neutro es un colorante que se une a las regiones basófilas del tejido nervioso. Se 
tiñen los núcleos de todas las células (neuronas y células gliales) y la sustancia de Nissl (ribosomas libres y asociados a membranas del retículo endoplasmatico rugoso). No se tiñen los axones, por carecer de ARN en su interior. Al teñir de color rojo las células, es muy útil para contrastar cortes teñidos con otras técnicas como por ejemplo la técnica A-Cu-Ag (técnica de plata), donde la degeneración se tiñe de color negro. De esta manera el rojo neutro permite reconocer áreas específicas del cerebro que han sido afectadas por la degeneración.
Nissl
Esta técnica generalmente utiliza como colorante el violeta de cresilo, este colorante es 
una anilina básica (cargada en forma positiva) que se une a las regiones basófilas de las células del tejido nervioso. También se utiliza el azul de tionina el cual da un color azul-violáceo. Tiene mayor contraste que la técnica con rojo neutro por lo que es la contracoloración elegida para el estudio de detalles citológicos y citoarquitectónicos.
Hematoxilina-eosina
Es una coloración topográfica de rutina ya que 
permiten distinguir detalles morfológicos de células y tejidos. Existen múltiples variantes, según se emplee un tipo u otro de eosina y de hematoxilina (generalmente se emplea la hematoxilina de Harris). Por lo común, este método siempre consta de una etapa inicial, en la que se colorean los núcleos celulares con la hematoxilina (violeta), y en una fase ulterior de contraste citoplasmático y de los componentes extracelulares con la eosina (rojo-rosado).
Inmunohistoquímica
La inmunohistoquímica es una técnica utilizada para la localización de 
moléculas específicas en los tejidos mediante el empleo de anticuerpos (proteínas del tipo inmunoglobulina G). Es una técnica que gracias a la oferta comercial de anticuerpos y a la estandarización de su protocolo se ha convertido en un método sencillo, rápido y muy potente. Se basa en la gran especificidad y alta afinidad que tienen los anticuerpos para reconocer a moléculas y unirse a ellas. Además, la conjugación o combinación de los anticuerpos con enzimas o con sustancias fluorescentes permite detectar moléculas presentes en el tejido.